La réserve naturelle des Ballons Comtois est recouverte à 95% de sa surface par de la forêt de moyenne montagne. Les pentes parfois fortes peuvent être occupées par des éboulis. Imbriqués en mosaïque dans ses habitats forestiers, on trouve des espaces tourbeux ou prairiaux (chaumes) qui confèrent à la réserve un fort potentiel d’accueil pour de nombreuses espèces animales et végétales. L’eau est également omniprésente sur le site découpé en 4 bassins versants.

L’originalité du site réside dans la continuité de son espace forestier et la qualité de l’ensemble de ses milieux.