Afin d’assurer la préservation de ses richesses naturelles, chaque réserve naturelle est dotée de son propre règlement : un décret ministériel. Ce texte officiel est adapté aux impératifs de protection des habitats et des espèces présents sur le site.

Les gestionnaires de la réserve naturelle des Ballons Comtois sont chargés par le Préfet de Haute-Saône et sous l’autorité des procureurs de la République de faire respecter cette réglementation dans le cadre de leur mission de police de la nature.